بعد أن صدرت MGS V The Phantom Pain وحققت نجاح كبير يبدو أنه يوجد أمر غريب في قصتها، حيث قام لاعب بالرجوع إلى ملفات اللعبة واكتشاف أنه يوجد نقص غريب في أحداث القصة التي من المعروف أنها مقسمة إلى قسمين Revenge و Race إلا أن الملفات تظهر في قسم ثالث.
هذا القسم محذوف من اللعبة بشكل كامل وهو بعنوان Peace قد تكون شركة كونامي قررت حذفه لأنه لا يناسب القصة لكن لا يوجد شيء مؤكد حول ذلك بعد، في حين تحدث بعض اللاعبين الأخرين عن حذف مشاهد من اللعبة ظهرت في عروضها السابقة.
خصوصاً عرض E3 عندما يقف شخصية سنيك أمام قرية محترقة وهو يصرخ وممتلئ بالدماء هذا المشهد لم يستطع أحد رؤيته في اللعبة حتى ضمن المهمات الجانبية، بالإضافة إلى تلك المشاهد التي تظهر تدريب أطفال صغار في أفريقيا والذي أيضاً لم يكن له وجود في النسخة النهائية من اللعبة.
كونامي وكوجيما لم يعلقوا بعد على هذا الأمر ولم يوضحوا سبب ذلك إن كان صحيح فعلاً، فلا يمكن تأكيد ذلك من كلام اللاعبين، لكنه ليس بالأمر الغريب فالكثير من فرق التطوير تقوم بالتعديل على أحداث القصة في ألعابها إلا أن التعديل كان كبيراً في هذه العبة حسب ما ذكر.