احمد خالديختفي رومان فجأة في وقت ما وتخبر مالوري نيكو أنه تم اختطافه من قبل رجال ديميتري. يتمكن نيكو من إنقاذ قريبه، مع تصاعد كراهيته لديميتري بشكل أكبر، تتحسن أمور رومان فجأة بعد ذلك، خاصة عندما يحصل على مبلغ كبير من المال من مطالبة تأمين قدمها على عمله المدمر. باستخدام المال، يشتري رومان ونيكو شقة في Algonquin، ثم يعيد بدء شركة التاكسي الخاصة به.
سرعان ما بدأ نيكو العمل لصالح عائلة ماكرياري، حيث تم ابتزازه لمساعدة الشرطي الفاسد فرانسيس (الذي التقى به لفترة وجيزة أثناء عمله مع ماني) من خلال قتل العديد من الأشخاص الذين يمتلكون أدلة تدينه، وساعد باتريك في العديد من عمليات السطو، وأبرزها عملية Bank of Liberty.
بعد السطو، تفتح الجسور إلى Alderney، مما يفتح المدينة بالكامل، ويواصل نيكو العمل مع باقي إخوة ماكرياري، وهم ديريك الذي شارك في عملية السطو وهو عازب عائد من إيرلندا هربًا من المافيا، ويستعين بنيكو للتعامل مع مشاكل من ماضيه، وجيرالد الذي خطط للسطو وهو زعيم المافيا الإيرلندية، ويستعين بنيكو للهجوم على المافيا الألبانية لصالح عائلة بيغورينو، بهدف تقويض الهدنة بينهما وعائلة أنسلوتي الإجرامية. في هذا الوقت، يصبح نيكو صديقًا لباتريك ويطور علاقة مع أخته كيت.
سريعًا ما يعلم فرانسيس أن ديريك عاد من إيرلندا، وخوفًا من أن يُبلغ عنه، يوظف نيكو لاغتياله. لكن ديريك بعدها يتصل بنيكو ليخبره أنه يشتبه في أن فرانسيس يحاول قتله ويطلب منه حمايته. هذا يترك نيكو مجددًا أمام خيارين: قتل فرانسيس أو ديريك. في كلتا الحالتين، يحضر نيكو الجنازة، حيث يدافع عن نفسه ضد عدة زعماء المافيا الألبانية الذين يهاجمون الجنازة ردًا على هجماته السابقة ضدهم، وفي النهاية يقطع جميع صلاته بديريك، أو يُجبر فرانسيس على مساعدته في الهروب من الشرطة متى احتاج (وهو ما يستمر حتى نهاية القصة فقط) كما يعلم نيكو من باتريك أن جيرالد تم اعتقاله قبل الجنازة بفترة قصيرة.
من خلال باتريك، يلتقي نيكو أيضًا برجل العصابات الإيطالي وقائد عائلة Pegorino راي بوكينو، الذي يستخدمه لمساعدته في مخطط رئيسي للاتجار بالماس. أولاً، يقوم نيكو وعشرات من شركاء بوكينو، بقيادة لوكا سيلفستري، باسترجاع الماس من عدة أكياس قمامة، حيث كان أعضاء The Lost MC قد خبأوه بعد سرقته من صاحب النادي توني برينس، رغم ذلك، يخون لوكا وفريقه بوكينو ويخططون للهرب بالماس، مما يجبر نيكو على قتلهم لاستعادة الماس. بعدها، يعمل نيكو مع جوني كليبتز لبيع الماس إلى ممثل المافيا اليهودية إسحق روت، لكنهم يتعرضون لكمين من قبل لويس لوبيز الذي يسرق الماس، بينما يهرب جوني بالمال وسط الفوضى. بعدها، يخبر نيكو بوكينو بخيانة جوني، فيرسل بوكينو نيكو لقتل أعز أصدقائه جيم فيتزجيرالد ردًا على ذلك، بالإضافة إلى إسحق وأتباعه، بعد اتهام بوكينو لهم بالكمين وتهديدهم بالانتقام.
في مقابل عمله لصالحه، يساعد بوكينو نيكو في تعقب فلوريان كرافيك، أحد الناجين من فرقته القديمة. يواجه نيكو ورومان فلوريان، الذي غير اسمه إلى بيرني كرين، ويكتشفان أنه ليس الخائن، مما يعني أن الشخص الذي خان الفرقة لا يمكن أن يكون سوى الناجي الآخر المعروف: داركو بريفيتش.
يبدأ نيكو بمساعدة بيرني بعدة خدمات، ثم يعلم نيكو أن برني مرتبط بنائب العمدة برايس داوكينز، الذي يتم ابتزازه من قبل عدة رجال. يرافق نيكو برني للقاء الرجال، ليكتشفا أنهم يعملون لصالح ديميتري، ويستطيع نيكو قتلهم، رغم ذلك، عندما يدعو برني نيكو لجولة هادئة بالقارب، يهاجمهم المزيد من رجال ديميتري، الذين يقتلهم نيكو أيضًا. في النهاية، يودع الثنائي بعضهم البعض، بعد أن يقدم برني لنيكو هدية: سيارة برايس إنفيرنوس.
يتم تعريف نيكو أيضًا على جون جرافيلي عبر اتصال مع مؤسسة United Liberty Paper، الزعيم المسن والمحتضر لعائلة Gambetti الإجرامية، الأقوى بين خمس عائلات المافيا الإيطالية، ويؤدي نيكو عدة مهام لجرافيلي، مثل حماية سياسي من رجال ديميتري، أو تدمير عدة شاحنات مخدرات تعود لعائلة Ancelotti الإجرامية، المحمية من قبل رجال ديميتري. ممتنًا، وعد جرافيلّي بمساعدة المؤسسة في تتبع داركو بريفيتش.
يتواصل راي بوكينو مع نيكو مرة أخرى، مع عرض شقة في ألدرني وتقديمه لصديقه وشريكه فيل بيل. يوظف بيل نيكو في عدة مهام، مثل سرقة شاحنة محملة بالمخدرات من جماعة Triads، ومساعدته في سرقة باقي مخدرات عائلة أنشلوتي من رجال ديميتري، ويقوم لاحقًا بتوصيته لرئيسه، جيمي بيغورينو. يشعر بيغورينو بالقلق من فقدان السلطة الأخيرة لعائلته، ويسعى بشدة للانضمام إلى اللجنة التي تضم العائلات الإيطالية، ويكلف نيكو بمساعدته في صفقة مع عائلة بافانو التي قد تسمح له بتحقيق هذا الهدف، رغم ذلك، ينقلب البافانو على بيغورينو، ويحاولون قتله، لكن نيكو يتمكن من إنقاذه، ويكلف لاحقًا بمهاجمة مجموعة كبيرة من بافانو كتعويض. مع مرور الوقت، يصبح بيغورينو أكثر توترًا واعتقادًا بأنه محاط بالخونة، ويطلب من نيكو قتل حارسه الشخصي أنتوني كورادو، الذي تبين أنه مُخبر للFIB، ويطلب أيضًا قتل راي بوكينو، الذي يشتبه في كونه مخبرًا.
في ذات الوقت، يزور نيكو جيرالد مكري في السجن، الذي يطلب منه مساعدته في اختطاف غريس أنشلوتي، ابنة جيوفاني أنشلوتي، دون عائلة أنشلوتي، بهدف فدية الماس الذي علم أن عائلتها استولت عليه. ينجح نيكو في اختطاف غريس، ثم يقوم باتريك بتنظيم صفقة مع عائلة أنشلوتي، الذين يرسلون توني برينس وحراسه لويس لوبيز – الذي سرق الماس خلال تبادل نيكو مع المافيا اليهودية – لإنقاذ غريس. تبدو الصفقة جيدة في البداية، حتى يصل راي بولجارين ويأمر رجاله بقتل نيكو واستعادة الماس، وبينما يهرب توني ولويس بغريس ويفلت بولجارين، يقتل نيكو وباتريك رجاله، لكن أحدهم يمسك بالماس ويرميه في شاحنة قمامة عابرة، مما يؤدي إلى فقدانهم للماس للابد. بعدها، يقطع نيكو جميع صلاته بجيرالد، الذي يطلب منه رعاية عائلته.
في النهاية، تعقبت شركة United Liberty Paper داركو بريفيتش وتقوم بإحضاره إلى مستودع الشحن في مطار فرانسيز الدولي، مُبلغة نيكو قبل قطع جميع صلاتها به. يصطحب نيكو، برفقة رومان، داركو، حيث يجدانه بعد مواجهة مشحونة بالتوتر. يقدم له نيكو الخيار بين قتله، مما يجعله يشعر “بفارغ”، أو تركه يهرب، مما يجعله يشعر بتحسن.
بعد الانتهاء من كل هذه المهام تبدأ نهاية اللعبة، والتي سنسردها بالتفصيل في المقال القادم.
